进化树的Newick格式

由来

1986年6月间，美国新罕布什尔州丹佛市召开了一次分子进化领域的学术会议。这次会议实际上由一系列非正式的讨论构成， 其中有有两次讨论就在Newick’s Lobster House的龙虾馆举行。七位学者（James Archie, William Day, Joe Felsenstein， Wayne Maddison, Christopher Meacham, F. James Rohlf, David Swofford）一边吃着美味的龙虾，一边讨论着分子进化领域的科学问题。 这次讨论的结果对整个系统发育学（phylogenetics）产生了重要的影响。因为正是在这次会议中诞生了一种全新的、 用字符与括号来对进化树进行描述的格式。也许是龙虾鲜美令人难以忘怀的缘故，大家决定用 Newick龙虾馆来命名这种格式。

Newick的诞生一年后，就有了竞争对手Nexus。

解释

上图中的进化树用newick格式表达，即：

(A,(B,(C,D)));

两个共享最近祖先的物种，即此例中的C和D，由逗号分隔后，放入一组小括号内；C和D的祖先节点，又与B共享了一个最近祖先， 由(C,D)代表的祖先节点与B由逗号分隔后，放入一组小括号内；以此类推。

需要指出的是，以下三种方式：(A,(B,(C,D)));，(A,(B,(D,C)));，(A,((C,D),B));，都可以表示这棵树。

newick以;号结束，同一文件里可存放多个newick格式树。

在树的外节点（树枝的终端）和内节点（如(C,D)）后，通过:号引入枝长的取值，得：

(A:0.6,(B:0.1,(C:0.1,D:0.1):0.2):0.1):0.1;

图形效果如下：

在枝长的:号前，内节点的右括号后，可插入对分枝的注释信息，如Bootstrap值等

(A:0.6,(B:0.1,(C:0.1,D:0.1)97:0.2)90:0.1):0.1;

图形效果如下：

小结

Newick格式，结构简单，便于理解，程序解析也很简便，是学习分子进化的重要知识点。